めちゃめちゃ、奥が深いです。（文字ばっかりですみません。）
玄米の表層部や胚芽には、麹菌や酵母の増殖、発酵促進には過剰な灰分やビタミン類、また必要以上に多いと製成酒の香りや味を劣化させるタンパク質や脂質が多く含まれている。これらは醸造管理を困難にさせることから、醸造上で不必要な成分を取り除く作業を行う。これが精米である。
白米表層に残留している糠分を除去する目的で、白米を水洗いすることを「洗米」という。洗米中に白米の表面が１〜２％摩耗し、二次精米の効果がある。
蒸しの目的は、適度に水を吸わせた生米を、蒸気で加熱することによって、米の生デンプンをα化し、麹菌の生産する糖化酵素の作用を受けやすくするためである。
また、加熱によって米を殺菌し、以後の醸造工程を安全に遂行するためでもある。
よい蒸米とは、さばけがよくて外硬内軟なもの。つまり、完全にα化され、適度のかたさを保ち、表面がべたつかないものを指す。蒸米の硬軟は、以後の製麹管理と醪中の米の溶解に大きな影響を与えるので、大変重要な工程である。
麹は、蒸米に麹菌を増殖させたものである。麹菌は蒸米上で増殖すると同時に各種の酵素を菌体外に分泌する。麹菌自体は空気中の酸素を必要とする好気的な微生物であるため、空気の存在しない醪の中では生きることができず、死滅してしまう。
麹菌の生産した酵素はタンパク質の一種で、生物でなく物質であるため、醪中に残存し、酵素作用を発揮する。
日本酒醸造は、酵母によるアルコール発酵（酵母のような微生物が、自己のもっている酵素の力で糖分をアルコールにする作用）によるが、主原料となる白米中のデンプンやタンパク質などは、酵母が利用できない高分子物質の状態にあるため、麹菌の生 産する酵素をもって、酵母が利用できるブドウ糖やアミノ酸段階までの形に変えることが麹の最も大きな役割である。
昔から酒づくりは、一麹、二モト（酒母）、三つくり（醪）と言われ、酒母（モト）は日本酒醸造における重要な工程である。
日本酒の成分であるエチルアルコールは、酵母という微生物の働きによってできるが、その酵母を純粋に大量培養したものを酒母と呼ぶ。
日本酒醪は解放状態で発酵を行っており、麹は多数の微生物が存在する。また、米も蒸し工程で殺菌されるが、冷却工程で微生物により汚染される可能性がある。現在の日本酒づくりでは、解放状態という都合の悪い環境下でも醪は接種した酵母菌により、純粋に醸造がされている。醪をつくるためには、酒母中に元気のよい優良酵母が大量に培養されていなければならない。さらに、酒母には醪を健全な発酵に導くために、必要な乳酸が含有されていなければならない。つまり、よい酒母とは、
以上の３つの条件を具備する必要がある。
酵母の大きさは約５μｍ（長さ５〜８μｍ×幅４〜６μｍ）程度である。
酵母は自然界に広く住みついており、多種多様な菌株があり、それぞれに特性を持っている。
例えばビールにはビール酵母、ワインにはワイン酵母、パンにはパン酵母というように、利用目的にあった最適の酵母菌株を、長い歴史の中で取捨選択して使い分けている。
日本酒酵母においても、長い年月を掛けて選び抜かれた優良日本酒酵母がある。日本酒酵母は、酵母の分類上サッカロミセス属に属している、サッカロミセスセレビシェ一種だけである。
上記のように、醪は４日間にわたり、３段階の仕込みをすることになる。これを段掛法または段仕込みという。これは、酒母を一度に大量の物料（醪の原料である水、麹、蒸米）の中に加えると酵母菌数と酸が極端に薄められて、殺菌などの増殖に都合のよい条件をつくってしまうことを避けるために、段階をふんで増量させていくのである。
醪を酒袋に入れて槽でしぼるか、連続しぼり機で酒粕と日本酒に分ける。上槽（じょうそう、あげふね）ともいう。
上槽したての日本酒にはまだ微細な固形物が浮遊して白く濁っているが、タンクの中で、１０日間位静置しておくと、固形物が沈殿し、上澄んでくる。一般に、タンク側面の下方に呑穴という取り出し口が二つあり、上を上呑、下を下呑と呼んでいる。この上呑から静かに澄み部分を抜き出す。この操作を滓引きといい、このとき下に残る濁った部分を滓という。
滓引きをして清澄になった日本酒には、まだ微細な粒子が浮遊しているので、ろ過機によりろ過し、さらに清澄にする。この際、活性炭を使用するのが一般的で、脱色、香味の調整、着色防止、火落ち防止、過熟防止が目的である。
でき上がった日本酒の品質が、醪タンク１本ずつ異なることは避けられない。そこで、各仕込み後との日本酒をなるべく数多く合併し、目標の酒質となるように調合を行う。
火落ち防止のために殺菌する目的と、貯蔵中の品質劣化を防ぐ目的で酵素を破壊するために６０〜６５℃に加熱する。
火入れ後の日本酒は出荷時のビン詰めまで、タンクに貯蔵する。この期間に香味の熟成がおこり、新酒の荒々しい香味が丸くおだやかになる。しかし熟成が過ぎると、着色が過剰に進み、老香や雑味が多くなったりするので、貯蔵中の温度管理が大切になる。通常は１５〜２０℃である。
日本酒にとって、好アルコール性乳酸菌が増進し香味が劣化する火落ちは致命的な事故になるため、貯蔵中の火落ちはなるべく早く発見する必要がある。
そこでタンク内の日本酒の品質を官能検査（酒）し、成分分析をする。６〜８月に行われる第１回の検査を初呑み切りというが、その後も必要に応じて適当な時期に行われる。
出荷時期になった日本酒は、官能検査と成分値を手がかりとして、調合と活性炭ろ過により最後の調整をする。
また、火入れした日本酒は、透明度が悪くなったり、白濁したりする。これをタンパク混濁とか白ボケと呼ぶ。原因は、糖化酵素が火入れによって変性し、貯蔵中に凝固してくるためと考えられており、このような場合には滓下げを行う。滓下げの方法としては、柿しぶなどを使う物理的な方法と、タンパク分解酵素を使う酵素法とがある 。
この他、官能検査などによって必要に応じて酸が足りないときは補酸をしたり、酸が 多いときは除酸をしたりする。最後に原酒（通常はアルコール分２０％前後）を市販酒規格（通常は１５％）に合わせるために、水を加えて薄める割水という作業が行わ れる。
割水を終えた市販酒規格の日本酒はビン詰めするが、このとき火入れ殺菌を行うのが普通である。方法として、熱酒を詰める熱酒ビン詰め法と、ビン詰めしてから加温するビン火入れ法がある。